Warna biru tua, melambangkan ketenangan, kekokohan, dan kewibawaan.
Warna putih, melambangkan kesucian dan kejujuran. Warna emas melambangkan kejayaan.
Bagian luar Bentuk dasar 2 segilima; melambangkan semangat pengamalan Rukun Islam dan Pancasila. Sudut-sudut kedua segilima saling berkait membentuk kelopak-kelopak bunga yang mekar; melambangkan harapan bahwa universitas terus berkembang dan berkemajuan.
Roda yang berputar; melambangkan seluruh elemen universitas bersinergi menghasilkan pergerakan yang dinamis sesuai kebutuhan zamannya. Sinar yang memancar ke segala arah; melambangkan harapan keberadaan universitas serta alumni yang dihasilkannya dapat menebar manfaat dalam kebajikan ke segala penjuru.
Bagian tengah Nama UNIVERSITAS AL-IRSYAD CILACAP tertulis melingkar dengan warna putih yang kontras dengan warna dasar lingkaran Biru tua, melambangkan kebulatan tekad, kepercayaan diri, dan soliditas yang kokoh dari seluruh elemen universitas dalam mewujudkan visi, misi, dan tujuan Universitas Al-Irsyad Cilacap.
Bendera Universitas
Bendera Fakultas Ilmu Kesehatan
Bendera Fakultas Farmasi Sains Dan Teknologi
Bendera Fakultas Ilmu Sosial
